O trabalho desenvolvido por Eurípedes Barsanulfo na Farmácia Espírita deixou um legado significativo, que se estendeu muito além de seu desencarne em 1º de novembro de 1918. Sua abordagem integrativa, combinando homeopatia e tratamento espiritual, influenciou gerações de praticantes espíritas e estabeleceu um modelo para instituições semelhantes em todo o Brasil.
Após o desencarne de Eurípedes, seus colaboradores deram continuidade ao trabalho da Farmácia Espírita, embora com menor intensidade. Waltersídes Willon, seu irmão, assumiu a direção do Grupo Espírita Esperança e Caridade e manteve os atendimentos na medida do possível.
O modelo de assistência gratuita e a integração entre tratamento físico e espiritual foram incorporados por inúmeros centros espíritas em todo o país, resultando na criação de farmácias homeopáticas espíritas em diversas cidades brasileiras ao longo do século XX.
Em 1976, como parte das comemorações do centenário de nascimento de Eurípedes, foi inaugurada a Farmácia Homeopática "Tia Amália" no Colégio Allan Kardec, resgatando o trabalho iniciado por ele e dando continuidade ao atendimento homeopático gratuito à população.
A experiência da Farmácia Espírita de Eurípedes Barsanulfo também gerou importantes reflexões sobre a relação entre saúde e espiritualidade, antecipando discussões que só ganhariam espaço na medicina convencional muitas décadas depois. A abordagem holística e a atenção aos aspectos psicossomáticos das doenças, praticadas por Eurípedes, encontram hoje ressonância em correntes da medicina integrativa contemporânea.
Além disso, a Farmácia Espírita estabeleceu um importante precedente histórico para a defesa da liberdade religiosa e de práticas terapêuticas alternativas no Brasil. O processo judicial enfrentado por Eurípedes e seu desfecho favorável contribuíram para abrir espaço para o reconhecimento gradual de outras formas de tratamento além da medicina alopática convencional.
Por fim, o legado mais duradouro talvez seja o exemplo de dedicação desinteressada ao bem do próximo, princípio que norteou toda a atuação de Eurípedes Barsanulfo na Farmácia Espírita e que continua a inspirar iniciativas assistenciais espíritas até os dias atuais.